API Documentation
=================

.. autosummary::
   :toctree: autosummary

   a3fe.configuration
   a3fe.configuration.slurm_config
   a3fe.configuration.engine_config
   a3fe.configuration.system_prep_config

   a3fe.run
   a3fe.run._simulation_runner
   a3fe.run.CalcSet
   a3fe.run.Calculation
   a3fe.run.Leg
   a3fe.run.Stage
   a3fe.run.LamWindow
   a3fe.run.Simulation
   a3fe.run.enums
   a3fe.run.system_prep
   a3fe.run._virtual_queue
   a3fe.run._utils

   a3fe.analyse
   a3fe.analyse.analyse_set
   a3fe.analyse.compare
   a3fe.analyse.detect_equil
   a3fe.analyse.mbar
   a3fe.analyse.plot
   a3fe.analyse.rmsd
   a3fe.analyse.waters